ИСЭРТ РАН имеет тесные научные контакты с ведущими экономическими институтами Российской академии наук. К проводимым ИСЭРТ РАН исследованиям подключаются ученые ЦЭМИ РАН, используются современные методики исследований, разработанные в других институтах РАН. В Институте проводятся научно-практические семинары с участием ведущих российских ученых и зарубежных специалистов.

Расширяются научные контакты с вологодскими учеными-экономистами технического и педагогического университетов, других вузов. Многие сотрудники ИСЭРТ РАН сочетают научную и преподавательскую деятельность.

• Институт социально-политических исследований РАН (ИСПИ РАН)
• Центральный экономико-математический институт РАН (ЦЭМИ РАН)
• Институт социально-экономических проблем народонаселения РАН (ИСЭПН РАН)
• Институт проблем региональной экономики (ИПРЭ РАН)
• Институт экономики и организации промышленного производства Сибирского Отделения РАН
• Институт экономики Уральского отделения РАН
• Институт социально-экономических и энергетических проблем Севера Коми НЦ УрО РАН (ИСЭиЭПС КНЦ УрО РАН)
• Институт экономических проблем им. Г.П. Лузина КНЦ РАН
• Институт экономики Карельского научного центра
• Санкт-Петербургский государственный инженерно-экономический университет