Наиболее тесное взаимодействие у Вологодского научного центра РАН сложилось с такими научными учреждениями, как: Институт экономики РАН; Институт социологии РАН; Институт социально-политических исследований РАН; Институт социально-экономических проблем народонаселения РАН; Институт народнохозяйственного прогнозирования РАН; Институт проблем рынка РАН; Институт философии РАН; Институт проблем региональной экономики РАН; Институт экономики УрО РАН; Институт экономики Карельского научного центра РАН; Институт экономических проблем им. Г.П. Лузина Кольского научного центра РАН; Институт социально-экономических и энергетических проблем Севера Коми научного центра Уральского отделения РАН.
На современном этапе своего научно-организационного развития ВолНЦ РАН активизирует сотрудничество в области социологических исследований, что отчасти связано с веяниями времени – акцентированием внимания высших органов государственной власти на необходимости развития гражданского общества и повышения эффективности государственного управления за счет использования результатов социологических исследований в качестве главных критериев деятельности органов власти.
В 2014 году установились тесные контакты ВолНЦ РАН с Институтом социологии РАН (ИС РАН). Директор ИС РАН академик Михаил Константинович Горшков неоднократно посещал Вологодскую землю, проводил публичные лекции для сотрудников Центра. Между ВолНЦ РАН и ИС РАН было подписано соглашение о сотрудничестве, в результате которого научный коллектив ВолНЦ РАН начал принимать самое активное участие в проектах общероссийского масштаба («Исследование факторов, затрудняющих социализацию детей, находящихся в трудной жизненной ситуации, построение и апробация модели их социальной реабилитации», «Проблемы качества жизни пожилых людей»).
В рамках научной школы А.А. Шабуновой активно развиваются смежные медико-демографические и социологические исследования демографического развития, общественного здоровья населения, модернизационных процессов. В 2014 году Российским научным фондом поддержан проект «Качество детского населения в контексте модернизации России» (№ 14-18-03120), в 2013 году начато сотрудничество с ФГБУ «Государственный научно-исследовательский центр профилактической медицины», инициировавшим проспективное исследование «Эпидемиология сердечно-сосудистых заболеваний и их факторов риска в различных регионах Российской Федерации (ЭССЕ-РФ)». В его рамках обследовано 2000 жителей региона, их жизненный статус будет отслеживаться на протяжении ряда лет. Это – многоцентровое лонгитюдное эпидемиологическое исследование, в котором принимает участие и ВолНЦ РАН.
В июне 2019 года совместно с Федеральным научно-исследовательским социологическим центром РАН был открыт новый научно-просветительский проект «Школа социальных наук академика РАН М.К. Горшкова».
В июне 2021 году состоялась I Летняя молодежная школа социальных наук академика РАН М.К. Горшкова.
Летняя молодежная школа представляет собой научно-образовательную площадку, которая обеспечивает углубление и систематизацию знаний молодых исследователей в области социологии; формирование, расширение и углубление сети научных контактов; создание и распространение научной и учебной литературы; популяризацию и внедрение научных исследований в образовательный процесс; обучение навыкам применения современных инструментов обработки баз данных и моделирования социальных процессов.
Планируется, что Летняя молодежная школа будет проводиться ежегодно.